SMP N 2 Pakem berdiri pada tanggal 1 Agustus 1965. Dahulu merupakan Sekolah Menengah Ekonomi Pertama (SMEP) Hargobinangun kemudian bernama SMP Negeri 1 Hargobinangun dan akhirnya menjadi SMP Negeri 2 Pakem. Sekolah ini berada pada lingkungan daerah wisata di lereng Gunung Merapi yang secara geografis termasuk dalam daerah rawan bencana. Sebagian siswa-siswanya berasal dari daerah bahaya Merapi. Karena berada di daerah tersebut maka kurikulum SMP Negeri 2 Pakem dituntut memberikan bekal yang tepat kepada peserta didik untuk dapat menghadapi kondisi lingkungan yang demikian.
Kondisi masyarakat sekitar sekolah ini sebagian besar adalah masyarakat pedesaan yang bermata pencaharian petani dengan penghasilan rendah sampai sedang. Pemukiman penduduk cukup dekat dengan sekolahan dan masyarakat sekitar cukup peduli kepada sekolah khususnya keamanan sekolah.
